《神圣之门》的故事中有一扇可以实现任何愿望的“神圣之门”，而寻找此门的旅程即将在常界的城市区域开启。

《神圣之门》中的“统合世界”，是由常界、魔界和天界融合而成的混乱世界，名为“世界评议会”的组织勉强维持着世界的平衡。“起源之都”中6位有着各自故事的少年踏上了异常艰险的旅程，等待他们除了强大的敌人，还有为了隐藏“神圣之门”真相的“世界评议会”以及更多未知的威胁。

游戏中，无论是天界的妖精还是生活在魔界的魔物都会跑到常界作恶，甚至连普通的动物们都会受到神圣之门力量的影响，成为旅程中前进的阻力。而受制于“世界评议会”的自立型装置也对主角们发起攻击，究竟背后到底会有怎样的真相？